Sông Vân là một dòng sông có giá trị lịch sử, nơi gắn với các chiến công của Việt Nam trong kháng chiến chống quân nhà Tống dưới thời vua Lê Đại Hành.[1] Tương truyền, khi Lê Hoàn đánh thắng giặc Tống trở về Hoa Lư, Dương Vân Nga đã kê giường bên bờ sông đón và giao hoan với nhà vua, lập tức có gió thổi mây ngũ sắc thành tán bay đến trên trời soi xuống dòng sông, che trở hai người. Từ đó mà sông có tên là Vân Sàng (giường mây).[2] Ngày nay ở hạ lưu, hai bên bờ sông là hai con đường mang tên Lê Đại Hành và Dương Vân Nga, gần đó có đền Đồng Bến là nơi ghi dấu những truyền thuyết về thiên tình sử này.[3]

Thời Đinh Lê Lý Trần ở vị trí bến sông Vân là Phúc Thành Hải Cảng, tại đây Vua Lê Đại Hành trực tiếp thống lãnh thủy quân, xuất binh tiến thẳng ra Bạch Đằng giang nghênh địch, làm lên chiến thắng lẫy lừng.[4]

Sông Vân chảy qua nhiều thắng cảnh, di tích lịch sử như núi Non Nước, chợ Rồng Ninh Bình, đền Trương Hán Siêu, công viên sông Vân, nhà văn hóa thành phố. Người ta thường nghĩ tới hình ảnh "núi Thuý, sông Vân" khi nhắc tới thành phố Ninh Bình vì đây là biểu tượng văn hóa của thành phố này.